Matthias Löbe

Ressource related to the information architecture subsuming the central FAIR4Health Platform and the local FAIR4Health agents.

The model can be opened with the 3LGM² - Three-layer Graph-based meta modelling tool, a software to support the modelling of information systems in health care in strategic information management. See also the product page in ToolPool Gesundheitsforschung (in German).

This paper explains the mapping of the FAIR/FAIR4RS Principles to granular metrics and the method of the derivation of the 17 applicable aspects for metadata listed in research software registries.

It was submitted to ICIMTH 2024.

Lisa, a 20 year old patient, was diagnosed with a liver tumor. She has been receiving ongoing care from her primary care physician, Dr. Miller, and various specialists. She underwent a tumor removal surgery and agreed to donate biological samples (blood, tissue) and medical data (e.g., diagnostic results, surgery records) for research purposes.  The data and biological materials will be used for scientific studies or to support further medical research. The provenance model tracks all aspects of ...

Datenqualitätsanalysen

Daten, die für die Forschung verwendet werden sollen, müssen auf ihre Eignung für den Forschungszweck geprüft werden. Dies gilt sowohl bei primären Datenerfassungsprojekten wie klinischen Studien oder Kohorten, aber insbesondere auch bei der sekundären Verwendung bspw. von Versorgungsdaten. Ziel der Übung ist es, Studierende mit typischen Datenqualitätsproblemen am praktischen Beispiel vertraut zu machen und Fehlerklassen vorzustellen bzw. Werkzeuge zu deren Erkennung ...

Analysen medizinischer Datensätze

Datenanalysen sind das Herzstück datengetriebener Wissenschaft. Sie dienen einerseits zum Testen eigener Forschungshypothesen und andererseits zur Überprüfung publizierter Ergebnisse. Ziel der Übung ist es, Studierende mit Inhalten und Werkzeugen für die Durchführung einzelner Analysen vertraut zu machen. Dazu sollen mehrere aufeinander aufbauende Abfragen mit steigendem Schwierigkeitsgrad auf einen medizinischen Datensatz vorbereitet und die Ergebnisse ...

Registrierung von Forschungsvorhaben und Ablage in einem Forschungsdatenmanagementsystem

Die Registrierung von Forschungsvorhaben ist eine Grundvoraussetzung für deren Auffindbarkeit und Teil der Transparenzpflichten des Principal Investigators. Daneben sind für das Verständnis des Datenkörpers eines Forschungsprojekts weitere strukturierte Informationen zum Ablauf, zur Zusammensetzung der Probandenkohorte oder der erfassten Datenelemente von Bedeutung. Im Rahmen dieser Übung soll die Anlage ...

Pseudonymisierung und Anonymisierung personenbezogener Daten

Medizinische Daten sind personenbezogene Daten und können auch beim Vorliegen der Rechtsgrundlagen aus Gründen des Datenschutzes und der Datensparsamkeit nicht vollumfänglich mit Dritten geteilt werden. Gleichzeitig verpflichten neue Verordnungen wie das Gesundheitsdatennutzungsgesetz Forscher, Daten unter bestimmten Bedingungen zu anonymisieren. Die Übung soll den Studierenden an einem praktischen Datensatz den Unterschied zwischen ...

Medizinische Daten sind im Allgemeinen in dem Informationssystem gespeichert, welches die primäre Erfassung übernimmt. Sie befinden sich in einer Datenbank und können ggf. exportiert werden. Für eine übergreifende Nutzung haben sich Common Data Models wie OMOP oder HL7 FHIR etabliert. Ziel der Übung ist es, die Studierenden mit dem Prozess und den Schwierigkeiten der Überführung eines lokalen Datenkörpers in HL7 FHIR vertraut zu machen. Darunter fallen Fragen der Abbildung und Transformation der ...

Ziel der Übung ist es, Studierende mit der Notwendigkeit der Nutzung medizinischer Terminologien vertraut zu machen und ihnen gleichzeitig die Problematik der Annotierung von Datenelementen aus Erhebungen mit Konzepten aus internationalen Wissensbasen wie bspw. LOINC oder SNOMED CT zu verdeutlichen. Dies umfasst den Vorgang der eigentlichen Kodierung, das Finden eines passenden Codes, die Navigation in der Hierarchie der Terminologie, die Festlegung der Güte des Mappings oder die Konfidenz des ...

To achieve the objective of Use Case 1, a retrospective study has been performed with data from 5 EU cohorts in different health care settings (hospital, primary care, nursing homes) and health research organizations:

1. UNIGE: provides anonymized health care data from the EHR of the University Hospitals of Geneva.
2. SAS: provides health care data from the EHR of the Virgen del Rocío University Hospital in Seville as part of the Andalusian Health Service.
3. UCSC: provides health ...

Die enthaltenen ZIPs enthalten FHIR-Ressourcen Patient und Fall als Konvertierungen aus dem MIMIC-IV Demodatensatz.

This document is an excerpt of the author’s bachelor thesis.

The 3LGM² reference model for the FAIR4Health information architecture is based on the 3LGM² Metamodel. A graphical export of the different layers and a matrix view of the inter-level relationships is provided. However the 3LGM² tool is required for an interactive display of the model and additional functions.

Clinical data extracted from local EHR systems.

Lisa's liver timor data file in CSV format

This file contains the FHIR CapabilityStatement and FHIR Provenance ressources created within this use case in the local onFHIR store. It covers both #1 Characterization of multimorbidity patterns and association with health outcomes in the elderly and #2 Early prediction service for 30-days readmission risk in COPD patients.

The dataset contains data from 1,313 patients. It is not available for download here, but registered in the FAIR4Health Platform portal.

The dataset contains data from 244 patients. It is not available for download here, but registered in the FAIR4Health Platform portal.

This file contains the FHIR CapabilityStatement and FHIR Provenance ressources created within this use case in the local onFHIR store.

This file contains the FHIR CapabilityStatement and FHIR Provenance ressources created within this use case in the local onFHIR store.

The dataset contains data from 3,786 patients. It is not available for download here, but registered in the FAIR4Health Platform portal.

Motivation: By using the NLP4CR tool, medical facts (e.g. diagnoses, laboratory values) can be extracted from German medical full texts.

Description: The NLP4CR tool is a prototype that demonstrates the applicability of Apache UIMA and cTakes to medical full texts in German language.

The need to manage research data is recognised by the research community - sponsors, legislators, publishers expect and encourage good scientific practice, which not only includes archiving, but also the availability of research data and results in line with FAIR principles. The publication gives a brief overview of the Leipzig Health Atlas (LHA), which is a project for the presentation and exchange of a wide range of publications, (bio) medical data (e.g. clinical, epidemiological, molecular), ...

The need to manage research data is recognised by the research community - sponsors, legislators, publishers expect and encourage good scientific practice, which not only includes archiving, but also the availability of research data and results in line with FAIR principles. The publication gives a brief overview of the Leipzig Health Atlas (LHA), which is a project for the presentation and exchange of a wide range of publications, (bio) medical data (e.g. clinical, epidemiological, molecular), ...

The medical informatics initiative was created to close the gap between research and healthcare. All of Germany’s university hospitals have joined forces with research institutions, businesses, health insurers, and patient advocacy groups to create a framework that harnesses research findings to the direct benefit of patients. The German Federal Ministry of Education and Research (BMBF) is investing around 160 million euros in the programme through 2021. The digitisation of medicine is creating ...

Assets for the ICIMTH 2022 conference paper in Athens.