Test data for POLAR and other use cases

The test data

• are freely invented by clinical experts (manually, synthetically) and have no relation to real persons
• have been generated by a tool developed at the University of Leipzig from contributions of different expert groups out of a MS Excel format
• are available for free use as HL7® FHIR® bundles in json format;
• are suitable for direct transfer into a FHIR server
• correspond as far as ...

Polar test data for individual workpackages with different FHIR structure.

Collection of general FHIR test data

Allgemein

Alle einzelnen Datensätze sind aufgeteilt in jeweils (maximal) 1000 Patienten, die jeweils als json.zip und ndjson verfügbar sind. Die json.zip und ndjson beinhalten jeweils bis zu 1000 Transaktion-Bundles mit jeweils 1 Patienten. Die gleichnamige Excel-Datei ist die Vorlage zum Generieren JSON-Dateien.

VHF-Testdaten_01

Ursprüngliche Vorhofflimmern (VHF) Testdaten sind Patienten

• unterschiedlichen Alters (17 bis 83 Jahre, davon 3300 Patienten mit Alter > 65 Jahre)
• mit ...

Allgemein

Es sind 165 neue Patienten mit den gleichen Patientendaten, aus denen der Datensatz POLAR_WP_1.1_v2 generiert wurde, nur dass zusätzlich jede Condition eine Referenz zum Encounter hat. Da der Encounter selbst auch eine Referenz auf die Condition hat, gibt es hier eine Kreisreferenz, deren Upload einige FHIR-Server ablehnen (z.B. Vonk).

POLAR_WP_1.1_v4a_ReferencesConditionsToEncounter

=

Condition : 330 Consent : 100 Encounter : 330 Medication : 10 MedicationAdministration : 165 ...

Dies sind die originalen Polar-Testdaten. Die Patienten sind aus echten Fällen abgeleitet. 61 Patienten (Patient)

• mit jeweils 1 Einrichtungskontakt (Encounter) und jeweils 1 - 3 Abteilungskontakten (Encounter)
• mit Diagnosen (Condition)
• mit Laborwerten (Observation)
• mit Vitalwerten (Observation)
• mit Prozeduren (Procedure)
• mit Medikation (Medication, Medication Administration, Medication Statement)

Condition : 270 Encounter : 129 Medication : 242 MedicationAdministration : 165 ...

Allgemein

Alle einzelnen Datensätze sind aufgeteilt in jeweils (maximal) 1000 Patienten, die jeweils als json.zip und ndjson verfügbar sind. Die json.zip und ndjson beinhalten jeweils bis zu 1000 Transaktion-Bundles mit jeweils 1 Patienten. Die gleichnamige Excel-Datei ist die Vorlage zum Generieren JSON-Dateien.

VHF-Testdaten_01

Ursprüngliche Vorhofflimmern (VHF) Testdaten sind Patienten

• unterschiedlichen Alters (17 bis 83 Jahre, davon 3300 Patienten mit Alter > 65 Jahre)
• mit ...

Allgemein

Datensatz zum Testen der Polar Workpackages, die jeweils als json.zip und ndjson verfügbar sind. Die json.zip und ndjson beinhalten jeweils bis zu 1000 Transaktion-Bundles mit 1 Patienten. Die gleichnamige Excel-Datei ist die Vorlage zum Generieren JSON-Dateien.

POLAR_WP_1.x_v1_MixedTestCasesForAllWorkpackages

Der Datensatz enthält Testfälle für alle Workpackages. Er wird nach Bedarf immer wieder erweitert.

Achtung

DIESE DATEN SIND NICHT KDS-KONFORM. DER VALIDATOR WÜRDE SIE ABLEHNEN.

Sie werden aber zum Testen gebraucht, da einige DIZ-FHIR-Server anscheinend mit solchen unvalidierten Daten bespielt wurden.

Allgemein

Es sind 165 neue Patienten mit den gleichen Patientendaten, aus denen der Datensatz POLAR_WP_1.1_v2 generiert wurde, nur dass hier jede Condition eine Referenz zum Encounter hat, aber der Encounter keine Referenz auf die Condition. Die letzte der beiden Referenzen müsste aber auf ...

Allgemein

Es sind 70 neue Patienten mit den gleichen Patientendaten, aus denen der Datensatz POLAR_WP_1.1_v2 generiert wurde. Jeder Patient hat entweder 2 oder 4 Encounter, wobei einer immer ein Einrichtungskontakt ist und ein weiterer Encounter als Part-Of ein Abteilungskontakt. Die beiden zusammengehörigen Encounter haben immer dieselben Start- und Endzeiten. Die zusätzlichen Encounter sind alle mit einer jeweils einer Diagnose verbunden, die im Polar Workpackage 1.1 nicht relevant sind. ...

Allgemein

Datensätze sind aufgeteilt in jeweils 1650 Patienten, die jeweils als json.zip und ndjson verfügbar sind. Die json.zip und ndjson beinhalten jeweils 1000 Transaktion-Bundles mit 1 Patienten. Die gleichnamige Excel-Datei ist die Vorlage zum Generieren JSON-Dateien.

POLAR_WP_1.1_v2

Generierte Daten aus im Grunde nur 165 Patienten (für jede Diagnose 1 Patient), die verhundertfacht wurden. Details siehe unten.

165 verschiedene Patienten (Patient)

• mit jeweils 1 Einrichtungskontakt ...

Image of main FHIR resources with core data set (KDS) compliant linking.

The provided software provides the R modules for both parts of the applied POLAR_MI ETL Pipeline, the distributed analysis approach developed within POLAR_MI:

• Part 1: local data retrieval (WP_1_5_local_DataRetrieval.zip) and local statistical analysis (WP_1_5_local_StatisticalAnalysis.zip) for local execution at each centre
• Part 2: meta-analysis of local results (interim results; WP_1_5_central_Metaanalysis.zip)

Within compressed folder, we provide “read me” files with further information.

Image of main FHIR resources with core data set (KDS) compliant linking.

The medical informatics initiative was created to close the gap between research and healthcare. All of Germany’s university hospitals have joined forces with research institutions, businesses, health insurers, and patient advocacy groups to create a framework that harnesses research findings to the direct benefit of patients. The German Federal Ministry of Education and Research (BMBF) is investing around 160 million euros in the programme through 2021. The digitisation of medicine is creating ...